Le 24 septembre 1532, une petite troupe de soldats espagnols débarquaient à Tumbes, près de la frontière nord du Pérou actuel. Ces 62 cavaliers et 106 fantassins, commandés par un officier d’environ 57 ans nommé Francisco Pizarro, allaient en quelques mois atteindre le centre du Pérou et s’emparer de l’Inca Atahualpa et de son trône. Dix ans plus tard, tout le monde andin était aux mains des Espagnols, dépouillé de ses richesses et pratiquement réduit en esclavage.

Pizarro en route vers l'Amérique

Trois voyages ont été nécessaires avant d’obtenir la conquête définitive du continent. Le premier voyage effectué en 1524, a eu comme point de départ Panama, et 112 hommes prenaient part à l'entreprise. Pizarro partit d'abord et a été suivi par Almagro avec 80 hommes. Mais l'aventure s’est soldée par un échec.

Pizarro entama une seconde expédition avortée entre 1526 et 1528. Ensuite, la côte équatorienne a été explorée et son arrivée à Tumbes (ville au nord du Pérou), confirmait l'existence du royaume qu'ils cherchaient. L’étape suivante de Pizarro sera de faire un voyage vers l’Espagne pour en informer l'empereur Carlos des richesses de Tumbes. À Tolède il connut Hernán Cortes et obtint la signature de la capitulation de Tolède (26/07/1529) par laquelle on accordait à Francisco Pizarro la charge de capitaine général et Gouverneur de la Nouvelle Castille, nom accordé aux terres péruviennes, ainsi qu'une pension de 1.000 duchés. Il fit les voyages avec les trois célèbres caravelles : Santa María, La Niña et la Pinta.

L'heure de gloire du conquistador

Le troisième voyage commença au début de l’année 1531. En arrivant à Tumbes, Pizarro a constaté à quel point la ville avait été marquée par la guerre civile entre Huascar et Atahualpa, entamée à la mort de leur père : Huayna Capac. Francisco Pizarro pénétra dans le pays Inca en maintenant ses troupes à pied et à cheval dans les alentours du littoral. Ils prirent la direction du cœur de l'Empire : les Andes. Malgré les difficultés, le 15 novembre 1532 les Espagnols atteignirent Cajamarca, à l’époque ville abandonnée.

Pizarro envoya un ambassadeur à la rencontre d’Atahualpa - récent vainqueur de son rival Huascar - qui lui fit part de la présence hispanique dans l’Empire et son désir de se réunir avec lui. Atahualpa arriva accompagné de 10.000 hommes de Quito, désarmés, ce qui facilita sa capture. L'Inca a offert aux Espagnols une grande quantité de richesses en échange de la liberté mais cela n’empêchera pas son exécution en juillet 1533.

En août de la même année, Pizarro - accompagné de faibles troupes espagnoles et de collaborateurs quechuas - arriva à Cuzco, capitale de l'Empire Inca, il prit la ville et se transforma en propriétaire du Pérou, bien que reconnaissant comme Inca Manco Cayac. Le 18 janvier 1535, Pizarro fonde la nouvelle capitale : Lima, la ville des Rois. Almagro est nommé Gouverneur de Nouvelle Tolède et part vers la région du Chili pour effectuer sa conquête. De Cuzco, l'inca Manco partit avec une puissante armée en direction de Lima pour faire face à Pizarro mais sans succès.

Une fin sans gloire

Le retour d’Almagro provoque une guerre ouverte entre les partisans d’Almagro et ceux de Pizarro, lutte qui se solde par le décès du premier en 1538. Son fils, « el Mozo », décida de venger le décès de son père et il envahit le palais du Gouverneur Pizarro à Lima, où le conquérant de Trujillo mit fin à ses jours le 26 juin 1541.

C'est avec l'arrivée, en 1569, du vice-roi Francisco de Toledo, que le système colonial, qui allait prévaloir pendant plus de deux siècles, se mit véritablement en place. Il entreprit l'intégration de la population indienne, groupée en communautés agricoles, placées sous la tutelle d'un particulier ou de l'État, et favorisa son évangélisation.