Dans la jungle amazonienne, ou selva, les températures moyennes dépassent 23 °C et les précipitations annuelles 1500 mm.

On distingue deux zones : la basse Amazonie ou des arbres aux frondaisons en coupoles s'élèvent jusqu'à trente mètres, dominant un étage intermédiaire de palmiers et de fougères, et la haute jungle, ou ceja de selva (le « sourcil de la forêt ») au dessus de 700m, où sont cultivés le café et plus de la moitié de la production mondiale de coca.

Contrairement à ses voisins, le Pérou pratique une politique active de protection de sa forêt tropicale. Plusieurs sites ont été transformés en réserves naturelles, tel le Parc National de Manú qui s'étend des contreforts des Andes, à l'est de Cuzco, jusque dans la forêt amazonienne et qui présente une des plus impressionnantes concentrations d'animaux sauvages du monde – plus de 500 espèces d'oiseaux y ont été répertoriées. Une autre zone protégée, la réserve de Tambopata, abrite plus de 1100 espèces de papillons ainsi qu'un certain nombre d'insectes que l'on ne rencontre nulle part ailleurs.Entre avril et octobre (période idéale pour le tourisme), les fleuves voient leur niveau baisser, et les routes deviennent plus aisément praticables.