En la selva amazónica, la temperatura promedio es superior a 23° C y las precipitaciones  anuales son de 1500 mm.
Podemos distinguir dos zonas: la parte baja de la Amazonia donde los árboles con follaje en cúpulas se elevan hasta treinta metros, dominando una fase intermedia de palmas y helechos. La selva alta, y Ceja de Selva  a lo largo de 700 metros, donde se cultiva el café y más de la mitad de la producción mundial de coca.

A diferencia de los países  vecinos, el Perú practica una política activa para proteger la selva tropical. Varios sitios se han convertido en reservas naturales, como el Parque Nacional del Manu que se extiende desde las estribaciones de los Andes, al este de Cuzco, hasta la selva amazónica que presenta una de las más impresionantes concentraciones de vida silvestre en el mundo - más de 500 especies de aves han sido identificadas. Otra área protegida, es la Reserva de Tambopata, el hogar de más de 1.100 especies de mariposas y un número de insectos que no encontraremos en otros lugares. Entre abril y octubre (época ideal para el turismo), los ríos bajan su caudal, y las carreteras son más fáciles a transitar.